За миссии платят вполне достаточно, чтобы любой джонин мог с лёгкостью позволить себе всё это, даже с излишками.
На самом деле, я могу с вами согласиться, что такая картина выглядит более реалистично. От мира где существует настолько мощная магия, что обычные люди не стоят ничего рядом с весьма средненьким её пользователем, скорее ожидаешь, что местные маги возьмут власть и станут местными феодалами, чем что они будут бегать по миссиям.
Но... волею Кишимото имеем такую картину. Можно объяснять это волей Хаширамы или даже Риккудо, но если предположить, что такое общество всё же сформировалось, то оно является вполне устойчивым. Ну, для чего каге отдавать деревни во владение своим шиноби? Чтобы утратить власть над ними? Это в реальности, из-за невысокой мобильности, вассалы могли бОльшую часть времени просиживать у себя в поместьях. А у шиноби служба может требоваться постоянно. Так что если какой-нибудь каге и решит устроить в своей стране феодализм, это приведет к тому, что его шиноби разбегутся по своим поместьям, осознав, что им теперь вовсе необязательно выполнять миссии, чтобы обеспечить себе жизнь. И пока каге с верными ему шиноби будет бодаться с сепаратистами, его страну уже раздербанят соседи.
Не говоря уже о том, что крестьяне могут начать массово разбегаться в другие страны. Вряд ли шиноби смогут нормально управлять деревнями.