Потенциальные да, для нас, как знающих канон. На данный момент этих событий, что имели место в каноне, ещё не случилось.
Одно дело что их не любили, другое - уничтожали. До седьмого курса их не уничтожали массово. Только на следующем курсе начнётся эта политика. Сейчас - пока нет.
Эта идеология есть, но она не играет пока роли и не является реально опасным явлением для магглорождённых. В каноне стала, вскоре. Здесь пока нет, но события двигаются...=)

И к тому же, если и предположить гонения грязнокровок и захват Пожирателями власти, то на момент 6го курса было ещё нормальное (не магглоненавистническое в своей сути) Министерство, и намёков на такую политику, как руководящуюю было не так много.

Так же, допустим, Гермионе и грозят этакие гонения. Но, если она будет с Гарри рядом - ей ещё и как врагу правительства будет больше влетать, "нежелательное лицо" и прочее. А так же будет опасность просто попасть под раздачу заклинаний, как в Министерстве на пятом курсе.
В случае же, если её рядом не будет - она не получит то, что будет предназначаться Поттеру, не попадёт в гуще схватки под заклинание.

Косвенно, она может быть гонима магглоненавистниками в обоих случаях, но во втором прямой угрозы меньше. Страдать от гонений можно на передовой, на острие сражения, а можно помогать в тылу, так сказать, не высовываясь. Безопаснее в тылу, хотя некая общая угроза всё равно есть.
А на передовой словить пулю в лоб (заклятье), куда проще. С этим то не поспорите?

Так же замечу, что в этом фике нетерпимость Слизерина к грязнокровкам не является основной причиной разлада четвёрки Основателей.