---На самом деле такого числа как three one thousand (три одна тысяча) ни в русском, ни в английском нет.---
Зато есть "тысяча три". От перемены мест числительных вряд ли что-то меняется. Впрочем, это не критично - "тысяча три" и "три тысячи" произносится за одинаковое время.

---Как бы вы перефорсулировали обороты, показавшиеся вам корявыми?---
1. Т.к. парселтанг - язык, и в нем вряд ли может быть какая-то нотка (ср. "Болезненная нотка улавливалась даже в грузинском языке"), то я бы переформулировал примерно как "Несмотря на то, что Квиррел говорил на парселтанге, в его речи проскальзывали болезненные нотки". Плюс-минус синонимы.
2. "Отлично сработано, но, пожалуй, немного медленно" - вряд ли человек сказал бы на русском языке именно в таком порядке. Что-то класса "Немного медленно, но в целом - отлично", как мне кажется, звучит куда более по-русски.
3. Как заметили выше, "Раздался громкий хлопок, и рядом с Гарри что-то исчезло" на русском звучит смешно. Переформулировать можно разными путями, но я бы предпочел просто указать, что исчезло не "что-то", которое в отличие от something как-то тут не катит, а конкретный профессор.

Другие корявости ловить мне сейчас, если честно, лень =-) Может, вечером.