Дорогой товарищ. Я, конечно, понимаю, что вы пытаетесь как-то найти выход из канонной ситуации и если не подружить людей и "души", то хотя бы попробовать дать им шанс понять друг друга...
Я уже видела, как вы это проделывали в других текстах, но там хотя бы был понятный конфликт (и даже шантаж! это было круто и своевременно, я прямо прониклась).

А здесь... Ох, к героине нет симпатии, потому что... ну во-первых, потому что влюбилась она ещё в профессора-человека, да и в профессоре-"душе" её изначально привлекала именно крайне симпатичная и обаятельная "шкурка".
Да, она типа мечтает о любви, единственной и вечной и всякое такое, она не хочет "просто романчика", она уверена, что она не такая, но...
По сути-то - всё то же самое. Ну не за душу же она его полюбила, простите за каламбур. А за то, что он умеет слушать и за то, что он красивый, и за то, что на неё - довольно невзрачную - наконец-то обратили внимание. На это и ИИ способен, если что - быть красивым и уметь слушать.

И, конечно, ясно, что она цепляется за шанс жить, пусть даже так. Ей ничего не остаётся, т.к. с вечным соглядатаем-"душой", от которой не спрячешься, она не может ни предупредить свой вид, ни вообще сделать хоть что-нибудь. Ну разве что психануть, вызвать отторжение "души" от тела и умереть (либо оказаться в сумасшедшем доме).
И нельзя говорить "почему она не сделала то-то и то-то", потому что отнюдь не каждый готов умереть за свободу, когда есть возможность жить и любить и вроде как всё в порядке.
Вопрос - в порядке ли? Нормально ли быть "в постели с врагом", который собирается поработить твой народ и принудительно насадить "этим низшим существам, не способным о себе позаботиться" порядок и счастье, как он это понимает?