В каноне, насколько мне известно, вообще нет ни одного суда, которого вёл бы именно Верховный Чародей. Хотя сама судебная система описана довольно схематично и не особо понятно: Гарри судит Визенгамот в полном составе под руководством министра магии, ПСов после Первой войны - некий "Совет магического права", а в роли обвинителя выступает глава ДМП. Где тут роль Верховного Чародея, не вполне ясно.

Да и не помню, чтобы Дамблдор на посту директора мотался в Министерство, чтобы вести судебные процессы - его отлучка в первой книге не объясняется, но больше напоминает форс-мажор, чем что-то стандартное. Конечно, школьникам о перемещениях Дамблдора никто отчитываться не стал бы, но вроде бы никто не сомневался, что при необходимости в течение учебного года директора можно найти в здании школы.