Nepisaka
спасибо за вопросы!
Как вы верно заметили, Гермиона и Гарри уже были заражены, когда крутили хроноворот, поэтому этот момент никак не изменился. А вот в остальном все проще.
"Трех оборотов будет достаточно".
В каноне Гермиона послушалась, и их перенесло к тому моменту, когда встретился Драко (прямой в нос). Затем они пошли за своими прошлыми версиями к Хагриду и ждали, пока прошлые версии уйдут с Коростой и т.д.
В фанфике же Гермиона сделала 5 оборотов, поэтому они с Гарри успели забрать Коросту, отнести ее Люпину и обсудить ситуацию с Дамблдором.
И все это ДО того, как прошлые версии решили навестить Хагрида и что-то стало происходить.
Ну и раз прошлое было изменено, старые версии просто исчезли.