Багратион с 1800 года женат на Екатерине Скавронской, дочери одной из племянниц Потемкина. Есть версия, что брак совершен исключительно волей императора, потому что Багратионом увлеклась великая княжна Екатерина. Хотя, считается, что Багратион жену любил. С 1805 в разъезде. Жена постоянно за границей.