Видят. И что? Это ж не означает, что у них есть полная информация о магическом мире, точках перехода и прочих особенностях. Да и как-то поможет им оследить мага, уходящего в аппарацию? или приходящего из нее откуда-то? Вот сидите вы, пьете чай. Посреди чистого поля, ни травинки, ни кустика. И вдруг, откуда ни возьмись, из-за угла выезжает танк аппарирует маг. А у вас, как назло, противомагическая базука дома на полке лежит. А маг вам по голове ступефаем, а потом обливиэйтом. Возьмет, что ему там надо было, и свалит. И что вы с ним сделаете? Бомбу кинете? Куда? Туда, куда он приземлился после аппарации? Так его там уже нет. А в следующий раз он из-за другого угла появится. А вы даже помнить про него не будете. Тем более, они еще и невидимыми могут становится.

Конечно, толпой магглы магов задавят. Но для этого их еще надо найти. А прятаться маги умеют. Маги магглов видят, а вот их увидеть не так-то просто. Ну можно разнести отдельные вычисленные точки перехода, но и только.

Ну и потом. Магглы, конечно, могут захотеть изничтожить магов. И потери, конечно, будут. Но это же будет война на уничтожение. Если магглы устроят тотальный геноцид, у них может получиться - все-таки их сильно больше, да и технологий для убийства людей они напридумывали больше, чем следует. Но и маги могут маггловской крови пролить немало. А потом выжившие свалят в закат, закупорятся в своих мэнорах и не будут отсвечивать пару веков. Периодически из мести устраивая локальные армаггедоны.