John Doe, попаданец-архимаг? Да ничем не отличается, в принципе, от того же архимага в своём родном мире, который умудрился прикончить всех себе равных и более сильных. Тут даже обоснуй есть, хотя к МС он отношения не имеет. ОК, сильный или сильнейший персонаж. Не вижу проблем. Объективные сравнения и нормальное сознание своей силы - это не МС. Лёгкое высокомерие как таковое - тоже. МС - это если этот архимаг будет одной левой наводить свои порядки, выпячивая читателю свою силу и крутость, причём об этой силе и крутости будет гораздо больше, чем о том, чего ради он её применяет.

Если у архимага вообще нет никаких препятствий - будет перекачанный персонаж. Тоже ещё не МС. И легко превратить его в просто сильного, подобрав задачу по плечам. И даже если он просто "резвится в песочнице" - это будет дисбаланс, перекачанный ГГ, но всё ещё не МС. МС как таковой узнаётся по отношению автору к герою и герою к своей силе и поступкам.

Является ли архимаг, поставивший себе цель на отсталой планете создать равного врага, МС? Нет, он прекрасно сознаёт свою силы, но здесь ему нужна совсем не она, а манипуляторские и педагогические таланты. А такой, которому пофиг на окружающий мир, который давно ушёл в свои исследования - мы читаем повествования о буднях самого могущественного учёного на планете? Нет, ведь он сражается на равных, а то и проигрывает загадкам природы, а объективный и чуть восторженный склад его ума палки на палке от идеи МС не оставляет. Архимаг, который сделал себя императором планеты и строит межзвёздную империю? Нет, ведь империя держится на миллионах служащих, чиновниках, военных, и архимаг применяет, прежде всего, таланты правителя, организатора, лидера, стратега и прогрессора.

Понимаете, о чём я? Герой сталкивается в проблемой ему под стать. Он не побеждает играючи или якобы "на пределе сил" (хотя явно видно, что это приём автора, чтобы "избавится" от МС, причём неудачный), весь мир не крутится вокруг него, он не принимает свои победы с презрительной лёгкостью, не удивляется постоянно растущей как на дрожжах своей силе, его не сопровождают восхищённые ахи парней/девиц (в зависимости от пола) и он не показывает ВНЕЗАПНЫЕ таланты там, где ничего смыслить не должен. Это касается и магической силы/мастерства/искусства, и необоримой привлекательности (таким типом силы любят награждать своих МС женщины) и харизмы, и непревзойдённой удачи (это такая маскировка всепобедизма МС - "ему/ей просто повезло"), и сверхразумного умения вникать в чужие психологические проблемы и решать их двумя словами, и умения построить вундервафлю из говна и палок в любой момент по необходимости, и суперпупернаучного гения. Любого типа крутости. Любого достаточно сильного персонажа можно сделать МС - и столь же легко не сделать.

Зависит всё от того, как автор подаёт героя и какова этого героя личность.