Моя версия:
1) С помощью частичной трансфигурации трансфигурировать часть своей ноги в ядовитый газ и задержать дыхание, ИЛИ
2) Если касаться палочкой объекта трансфигурации необязательно, трансфигурировать часть земли под собой в кислород: враги вдохнут газ, потом он превратится обратно, и они все умрут. А внутри своего тела Гарри будет поддерживать трансфигурацию дальше, пока не получит Философский камень (что позволит ему сделать трансфигурацию постоянной и избежать смерти, когда кислород опять превратится в прочие вещества).
В обоих вариантах Волди ещё сможет воскреснуть, зато Гермионе ничего из этого не повредит.

Тут кто-то предполагал антиматерию, но достаточно мощный взрыв как раз способен Гермиону (даже нынешнюю) убить, и вряд ли Гарри на это пойдёт. Хотя шантаж таким методом может быть применён, но Волди-то бессмертен, а пожертвовать своими Пожирателями он вполне может (раз уж на их "чистокровные" убеждения ему глубоко наплевать).