на Поттермор есть статья о Тайной комнате, доказывающая, что разногласия между Салазаром и другими Основателями были не из-за магглорожденных, а из-за Темных искусств.
Потом, опасения Салазара имели под собой почву. Магглы боялись колдовства. Магглорожденные могли вернуться в маггловский мир и помогать магглам искоренять колдовство.
Ну не всегда учителя могут преодолеть то, что вбито в голову с детства. Колдовство - тяжкий грех, а способности к магии - печать дьявола, и если не будешь каяться и помогать бороться с этим злом - будешь гореть в аду.