Мне кажется, на Перси очень сильное впечатление произвели события второго курса - когда по школе ползал василиск, и Джинни чуть не погибла, при этом директор школы ни во что не вмешивался, ему вообще по фиг возможные жертвы, он занят своим экспериментом - воспитанием Избранного.
А Перси ведь любит сестру, он заботливый брат. И после всей этой истории он наверняка не мог относиться к Дамблдору с прежним почтением. И в то же время он видит, что его родители, чуть не потерявшие дочь, все равно готовы на Дамблдора молиться.
Поэтому Перси в конфликте Дамблдора с Министерством и встал на сторону Министерства - просто он думает своей головой, смотрит своими глазами и делает выводы. А семья считает его предателем.

И еще по поводу Перси - мне кажется, его отношение к Краучу-старшему обусловлено тем, что он нуждался в сильной отцовской фигуре, пусть жесткой, но сильной, и могущей стать примером для подражания.
Артур-пофигист таким, конечно, не был.