Очень странно, согласна. Вероятно, легенда существовала, и после гибели Миртл (или еще до того - там ведь несколько человек было окаменевших, потому что Диппет и Том говорят не о нападении, а о нападениях, во множественном числе) прошел слух, что это и есть чудовище Слизерина.
Хотя Гонты в 18 веке - они тогда еще в Хогвартсе учились - Тайную комнату открывали. Вероятно, если там что и оставалось от наследия Основателя - книги, артефакты - они забрали себе, а потом продали.
Слизеринцы, среди которых Том Риддл к тому времени приобрел авторитет, если и догадывались о его причастности (парселтанг - свойство потомков Слизерина), то не выдали его.
А вот Дамблдор знал, что Том - змееуст, а значит, вполне мог догадываться о родстве со Слизерином.