Изабель призналась мужу в том, что ведьма, только после рождения дочери. "...даже после того, как он узнал, что Изабелль была ведьмой, Роберт Макгонагалл любил свою жену не меньше, чем до этого. Однако он был глубоко потрясен ее признанием и тем фактом, что она хранила эту тайну столь продолжительное время. К тому же, он, человек, который гордился своей честностью и правильностью, теперь был вынужден обратиться в скрытную жизнь, что было несколько чуждо его натуре. Изабелль в слезах объясняла, что она и ее дочь были ограничены Международным Статутом о Секретности, и что они должны скрывать правду о себе, в противном случае им придется столкнуться с недовольством Министерства Магии. Роберт дрогнул при мысли о том, что подумают местные жители, в основном, строгие пуритане, если узнают, что жена их министра — ведьма.

Любовь еще жила, но того доверия между её родителями больше не было". И "Как это часто бывает, если ребенок родом из семьи, где скрывают свой магический дар, Хогвартс стал для Минервы Макгонагалл местом радостного избавления и освобождения"

Если в школе, где она проводила большую часть времени, отца ей заменил Дамблдор... результат вполне ожидаем.

И, кстати, она и в каноне декан так себе. Одно зачисление Гарри в команду на первом курсе чего стоит. И тот факт, что на пятом курсе он НЕ обратился к декану по поводу отработок у Амбридж.