(Возможно тут много моего ИМХО, извиняюсь, давно читала)
(Ну и предупреждение о спойлерах)
Алиса жива, пока жив Оз, технически она уже давно умерла, но её душа сцеплена с силами Оза с его согласия, а также с душой Воли.
У Воли разрушалась душа из-за Ядра бездны, так что она попросила Оза разорвать её связь с Ядром. Так как видимо жила она все это время только за счёт сил Ядра, после разрыва она умерла.
Оза убил контракт, это утверждается в манге. Он поднял руку на контрактора - Волю Бездны, и пофиг, что она сама попросила.