В третьем фильме смену капитана объяснили тем, что корабль находится в вечном владении богини Калипсо, и долг команды Голландца (как и долг капитана, руководящего кораблём) - переправлять души погибших на тот свет. Т.е. даже если и капитан корабля погибнет в бою, например, то обязанности с экипажа никто не снимал, поэтому у Голландца и должен быть капитан на постоянной основе. Видимо, только капитану Калипсо и объясняет все нюансы транспортировки умерших за тот край, а капитан, в свою очередь, доносит что нужно делать команде в общих чертах.
Плюсом сердце может вырезать не абы какой человек, а только тот, кто убил предыдущего капитана. Это такая своеобразная подстава от Калипсо, которая была известна своей мстительностью по отношению к обидчикам.
Почему именно сердце кладётся в сундук? Потому что когда новый капитан Голландца кладёт сердце в магически зачарованный сундук, созданный той же Калипсо, он приобретает бессмертие. Он не состарится, его не проткнуть, на атомы не раздробить - ровно до тех самых пор, пока не будет проткнуто именно сердце капитана корабля. Ну и плюс это своеобразная "клятва верности" морской богине.
И сундук должен хранится именно на суше потому, что если хранить его на корабле, то не факт что сундук уцелеет, если Голландец схлестнется с каким-нибудь кораблём в морской баталии. На дне хранить его тоже не получится - мало того что он рано или поздно всплывёт, так его ещё и морское давление может раздавить. К тому же на примере призраков капитана Салазара было наглядно показано, что происходит с душами, посмевшими сойти на берег раньше положенного срока - они просто превращаются в пепел, и то же самое ждёт капитана Голландца, если он сойдет на берег раньше, чем в свой единственный раз в 10 лет.

Раздор
Звучит неплохо, но все же позволю себе не согласиться.
Откуда что взялось? Джонс сердце сам себе вырезал, причем уже после приобретения бессмертия. Да и сердце потом очень много где лежало, кроме сундука.
Клятва это была бы, отдай он сердце самой Калипсо. Или морю — что, в принципе, одно и то же.

Ice Plane
Как было в фильмах показано, истинная Калипсо - сущность эфемерная, ей отдать материальный объект просто так не получится, нужен сосуд, где будет храниться душа (раньше верили, что именно в сердце находится душа человека). Ну как филактерии для души у нежити. Поэтому она и сделала сундук, чтобы там душа капитана и хранилась.
Сердце да, лежало в банке, в тряпке, но в конце всё равно отправлялось в сундук тем или иным способом. Такая вот магия Калипсо, что объект хранения, неважно каким способом, всё равно рано или поздно вернётся на своё место.
Ну а касаемо Джонса - позднее всё представили так, что сначала Дэйви вырезал сердце и стал капитаном корабля, и лишь ПОТОМ Калипсо нарушила своё слово и не пришла в назначенный срок.

Раздор
Вроде же он сердце вЫрезал не непосредственно во время становления капитаном? С другой стороны, если плясать от печки с надписью «все было не так», то действительно возможны варианты)

Ice Plane
Так в этом и был прЕкол от Калипсо. Хочешь стать капитаном Голландца? Изволь сердечко из груди вырезать и в сундук положить. А так как Дэйви ещё и по уши был влюблён в богиню (додумался же полюбить особу настолько ветреную, что даже сама Калипсо этого не отрицает), он не раздумывая это сделал и лишь потом понял, КАК он попал. В принципе, классическая ситуация, когда сначала делаешь, а потом думаешь, что же ты такое сделал и как с этим быть.