Весёлая история.

У меня было нечто похожее. Не буду описывать проблемы, но грешили тоже на генератор (правда обошлось малой кровью в виде его техобслуживания / замены щёток), потом на глюки при установке нештатной сигнализации.
Самое дурацкое, что косяки были сложновоспроизводимы. Т.е. ты ездишь с глюками, записался на СТО, приехал с утра, а всё работает как надо. Но вместе с этим пользоваться автозапуском зимой стало по сути лотерей, ибо можно было придти к тупо нерабочему автомобилю. Помогало скинуть клемму массы (минус), но потом перестало и оно помогать.

В итоге помог случай: я решил затянуть плюс, а затем обнаружил, что после затяжки клемму всё ещё можно снять, хоть и прилагая силу. Там странная конструкция, не как на минусе, где по факту клемму АКБ облегает два полукольца. Нет, там гайка находится на каком-то язычке, с отверстием-эксцентриком. Если это отверстие раздрочится, то и прижима не будет. И главное - проблема найти новую аналогичную клемму.
В итоге я тупо зачистил клемму АКБ наждачкой, киянкой доработал "ответную часть", идущую от автомобиля так, что отверстие стало уже, и, о чудо - проблемы с электрикой пропали (тьфу-тьфу).