Сириус знал, кто Хранитель. Но нигде не сказано, что он был посвящен в тайну. Он скрывался от Пожирателей тогда. Лили писала ему - письмо датировано августом 1981 года, если бы Сириус навещал Поттеров, она могла бы сказать ему лично.
Плюс, если взглянуть на содержание письма - тогда заклятье еще не было наложено. Очевидно Петтигрю сдал друзей почти сразу после того как стал Хранителем - Сириус мог в эти дни или недели не заглядывать к ним.