оставался - значит действие или предполагает завершение или когда-то уже было завершено.
то есть
Пока ждал команды, он оставался там (тут никак не скажешь остался)
Он оставался там неоднократно (тоже никак не скажешь остался)

А - остался - это совсем неопределенное.
То есть просто остался.
Как часто, на долго ли и с каким будущим действием - не понятно.

PS: но опять же можно сказать: в ожидании команды он остался там)))
но в этом случае глагол "остался" все равно указывает сам собой на какое-то безусловное действие, потому что у нас не "ждал" (что имеет завершенность в значении), а "в ожидании" (что такой завершенности не имеет)