Вся фигня в том, что большинство читателей ко второй главе уже напрочь забудут эпиграф. )))
Поэтому я вижу логику писать его в шапке, но не вижу логики прикручивать его к каждой главе или выносить отдельно, т.к. эпиграф равен лейтмотиву, ключу, идее и т.п. всего произведения целиком, а не каждой главы в отдельности.
А при скачивании фика целиком это и вовсе напряжно будет читать.