Ничего об этом не знаю, но имхо выскажу :))
Мне кажется, что именно на окрас влияет исключительно физическая энергия (на оттенок которой, как мне кажется, влияет стихийная и, возможно, клановая принадлежность), а ментальная влияет на всё остальное: количество, силу, ощущения (чем больше злился Саске, тем холоднее (а не темнее, например) по ощущениям Карин становилась его чакра). Другими словами я считаю, что оттенок чакры не может измениться из-за того, что в данном теле оказалась чужая душа.