Ну, объеденение власти происходит по двум причинам:

Так возникла Республика (очень давно), причем народы этих стран это одобрили. И они одобрили объедение на условиях республиканского строя. Создание же империи, прямым голосованием Сената было легитимно для сената, но не для народов стран и секторов, которые представляли сенаторы.

Ибо противоречило основным принципам Республики. И поскольку принцип нахождения в "государстве для государств" изменится, их(народы) надо было спрашивать еще раз. Это если уважать демократию. (разумеется, это не относится к мирам где естественной формой управления является наследственная монархия или тоталитаризм какой-нибудь)
Поэтому непризнание повстанцами империи логично в рамках их идеологии и понимания "законного".

А это то, что делала постепенно. развиваясь, Республика. Или в войнах с ситами. Закончилось чрезмерным разрастанием и кризисом размеров с переделом доступа к власти. Переферия разрослась слишком.

Напомню, что:
Республика не государство для граждан - а государство для государств. Империя в этом вопросе пошла дальше, решив стать гос-вом для граждан всех миров. (пусть и не сразу и не разом) Насильно.

Я странный человек, но для меня вонги не аргумент. Когда их придумали, империя уже была создана в каноне без заглядывание в будущее с вонгами. Оправдание её задним числом меня не устраивает.
Кроме того, вонги уже с точки зрения канона "принимают землянные ванны". Причем даже и в рамках легенд, ибо их(легенд) половина не противоречит новым эпизодам (выступая именно в кач-ве "легенд"), а вот послеэндорская часть прямо противоречит событиям нового канона.