Автор статьи не силен в лингвистике, неверно интерпретирует некоторые старые слова на современный лад. В приводимых им цитатах речь на самом деле идёт в основном о наркотиках, ядах и гипнозе (кстати, зелье - это не только наркотики, так называли ещё водку и табак). Поэтому корректнее говорить о сожжении наркоторговцев. А волхование - это не волшебство, а идолопоклонничество с жертвоприношениями, частенько человеческими.
Православная церковь отрицает колдовство как факт и может выступать разве что против веры в силу колдовства (а суеверия у нас и впрямь сильны, но за суеверие не сжигали точно, а вот активные попытки распространять суеверия были подсудны).
В общем, печально, когда старые документы пытаются анализировать люди, которые не знают древнерусского и старославянского.