У меня моя личная хэдкрабоканонная идея "как уберегли за столько лет".

Дано:

Комбинированными стихиями при должном старании и таланте можно овладеть (см. Расу, папашу Гаары или Ооноки). Любой из пяти первичных тоже можно овладеть.

Чакра = тело + разум.

В Суне много народу владеют футоном, в Конохе - катоном (Учиха - практически поголовно), в остальных деревнях стихийная предрасположенность выражена.

Комбинированные стихии - это кеккей генкай или кеккей тота, даже если ты ими овладел или получил от биджу, или просо унаследовал.

Итак. Чакра человека, овладевшего стихией, изменяет тело из-за тесной связи. Человек, обретя КГ, может передать его генетически.

Что имеем:

Итак, допустим у нас клан Учиха, члены которого пробуждают Шаринганы и используют катондзюцу. Их потомки от обычных людей пробуждают Шаринганы и тоже осваивают Катон. Эти изменения закрепляются, следующее поколение точно так же пробуждает Шаринган и использует Катон.
В итоге КГ передаётся из поколения в поколение и не пропадает.

Что касается вне клана, где Учиха не дрючат в ниндзюцу, где человек не пробуждает КГ, в итоге выходит обычная генетика - т.е. гены рецессивны и человек ничем не отличается от других.

Стихии - какой в этой местности пользуются, такая и закрепляется.

---

Всё рододрочерство по поводу Минато, Джирайи и т.д. мне категорически не нравится. Наоборот, что среди сильнейших людей в мире добрая половина - бесклановые, прекрасно.