То есть изначально в определении речь про энергоемкость одного атома? Причем, атома ?

Вот этот момент и не очевиден. То, что он где-то у кого-то по умолчанию подразумевается, не делает данный подход ни естественней, ни применимей на практике, ни проще в расчетах, ни полезней в быту. Для человека, не являющегося физиком, джоуль — мера количества энергии тела/среды, а градус — мера качества той же энергии. Совершенно ничего общего.