Wessemir
Гражданская война - нечто чуть более сложное и в ней нет чернобелого противостояния между защитниками закона (правильными уже потому что они защищают закон, априорно верный) и злобными террористами на X-крылах.

Империя для многих субъектов бывшей Республики не была законным правоприемником этого квазигосударства по причине сомнительной её перестройки в Империю, а потому была оккупантом.

В Республику планеты/сектора входили на определенных условиях, затем делегировали для представления своих прав в Сенате представителей. Но они, находясь там, решили настолько важные вопросы (с потерей части их независмости). И, не спрашивая своих народов, такое они решать не могли. И речь не о формальной законности, а о легитимности таких действий. Трудно удивляться тому, что возникли повстанцы.