кусь , вариантов масса на любой вкус: долго и настырно бомбить определённые точки (если знаешь конструкцию и в курсе, где там топливные баки/реактор/вставить нужное) - любая броня имеет предел прочности, как и щиты; устроить няшный чубабайс и просто заставить экипаж сдаться; пробиться в ангар и устроить фейерверк изнутри самой машинки; опять же долбёжкой по корпусу вывести из строя всё, что можно вывести из строя таким образом, включая пушки, и опционально заманить в поле притяжения планеты... ну, короче, вариантов масса.
Как раз командование снимать не целились, обычно - его выгоднее во всех отношениях брать живьём.