Много чего может быть... Может ты там во время ремонта связки перетрудила? Статическая неудобная поза... ну и во время активного ремонта приходится иногда йогу практиковать.

А так в результате травм может быть мениск (-и), он реагирует на глубокий присед и подъем из него для мениска может быть травматичен, если есть предпосылки.
Связки, мышцы... Может быть киста...
Вообще под коленом - это в самой подколенной впадине или ниже колена, то есть икра?