>>> потому что яд не разрушил оболочку крестража.

Так и в случае с дневником не разрушил, а повредил в том месте, куда Поттер пырнул клыком. Дневник после этого не исчез, не вспыхнул, не дезинтегрировал в элементарные частицы, подлатать его - и смог бы ещё послужить. Вот и Гарри яд не убил, а повредил. Но крестраж всё одно должен был скапуститься.