>используют ли маги идиомы типа слава богу, с божьей помощью, всё в руках господа нашего, это всё козни дьявола?

Используют, причём рекордсмены по частоте — Уизли и Малфои (и МакГонагалл, но в её случае это объяснимо, она дочь протестантского пастора).

>Есть ли в Хогвартсе часовня, или ещё какое помещение для отправления религиозного культа?

Прямо не сказано, но и для часовни в Хогвартсе, и для церкви в Хогсмиде найдётся место вне поля зрения Гарри. В Годрикс-Холлоу церковь есть.