Вроде же "омо-" - это те, которые к нам заявились через посредство французского языка, а те, что шли через немецкий, английский или прямо через греческий - не "гомо"-.

Забавный факт: в одном из старых изданий (емнип, в 3-м) Международного кодекса зоологической номенклатуры в русском переводе использовался термин "гомонимия". При переводе же следующих изданий использовали уже термин "омонимия".