Эээээ.
Во-первых, изначально все было нормально.
Во-вторых, я сейчас проверила на своем ноуте. Создала файлы с именами 1, 2, 25, 90, 100, 254, 1000, 1100, 9000, 10000. Он выстроил все в НОРМАЛЬНОМ порядке.

Короче, единственное из всего - я могу поискать скрипт (никогда с ними дела не имела, но придется попробовать).