Это издержки самого механизма уведомлений, щито поделать. Искусственный интеллект для того, чтобы определять, что автору нужно, а что нет, туда пока что невозможно прикрутить. Разве что, действительно, автор фанфика заблаговременно кинет автора удаляемого комментария в ЧС.