Ну, в принципе генетическая надстройка или симбионт (митохондриальная ДНК или какая-то отдельная с собственной органеллой) - отличный вариант.
А как вам вариант с особым механизмом транскрипции - например уникальные рибосомы, считывающий генетический код чуть иначе (как, например, у архей)? Рибосомы то мелкие, вполне могут с гаметами переносится.
А учитывая, что у сидов явно какие-то нелады с воспроизведением, особенно после появления людей, то вспоминаются неандертальцы, часть генов которых мы в себе несём. Видимо люди подзасрали сидам генофонд при скрещивании популяций и тот теперь фурычит через раз.