Габитус
Ядерное оружие на магов не используешь – придется бомбить собственную страну. А дементоров маглы вообще не видят, в то время как сами дементоры вполне могут оказывать воздействие.
Перебежчики маглорождённые и полукровки да, единственный из тех аргументов которые я встречал с которым я могу согласиться.
Но их чисто по ощущениям из канона не слишком много, и волшебник волшебника всё равно непохоже что может отследить. Разве что дементоров отгонять смогут, да и то – не все волшебники, в том числе и маглорождённые умеют колдовать патронуса. Ну может в скрытые места проведут ещё, но думаю перепрятать или уничтожить вход на Косую Аллею не так сложно, а выходы перекрыть магловскими средствами не предполагается возможным.

И в любом случае канон достаточно ясно говорит что волшебники и магловское правительство взаимодействуют и в целом никто конфронтации не хочет.