вы противопоставляете слова из параллельных терминологий. в ботанике нет фруктов, только плоды. вишня и черешня вполне соответствуют ягодам как плодам.
в быту фрукт тоже не противопоставляется ягодам. ягоды - это более мелкие фрукты. фрукт - сочный крупный плод, ягода - мелкий. в этом контексте черешня и вишня - ягода, как часть огромного "семейства" фруктов, в отличие от овощей, зерновых, орехов.