О, все демоны преисподней...
Ну нельзя же ТАК буквально.
Раз "T'is all in your head!" - так и детектировать надо соответствующе. Смену альфа-ритмов мозга регистрируют человеки-магглы ОЧЕНЬ давно. И аппаратура имеется.
И РЕЗКАЯ смена (а внезапный страх, к примеру, таки даст свою узнаваемую картинку) - будет означать незваных и - главное - незримых гостей.
Вопрос калибровки.

Ну и все-таки о главном: Магглов не просто много. По сравнению с магами - их пиздец как много. И две сотни дементоров (сотня на периметре школы на третьем курсе - половина наличного состава, емнип.) даже лопнув с пережору - не проредят численность магглов, не засветившись.
В шестом томе, глава первая, да, я помню Фаджа "- Они плодятся. И в этом причина такого тумана.(с)" - извольте, вот вам еще признак, где и что следует детектить.
Кстати, уже тогда Министерство ЯВНО утратило над ними контроль. Что объясняется в сущности просто: агент в Министерстве уничтожил (или спер) артефакт контроля. Или Волдырь - когда вытаскивал своих из Азкабана. Там еще Руквуд был - ОТ-шник бывший, мог он схимичить.
Годится любой вариант.