Если речь о фанфиксе, то здесь есть специальный тег <note>. Нумерация получается автоматически, примечание выносится в конец главы. Понятно, что можно и "колхозить" свои варианты. Я подумываю о глоссарии в конце - но это не замена примечаниям, а в дополнение.