Первая базилика была построена в 326 году, в правление первого христианского императора Константина Великого. Император повелел захоронить предполагаемые останки апостола. Таким образом алтарь будущего собора был установлен над криптой с саркофагом Святого Петра, принявшего в 66 году мученическую кончину в цирке Нерона.