В данном вопросе наплевать, чем занималась инквизиция, а чем не занималась - ТС просто даёт сферических персонажей в вакууме. То есть эти инквизиторы таки сжигали ведьм по условиям такого-то сеттинга, заданного ТС.

Ну так вот, если отбросить лишнее, то имеем человека, который искренне занимается своим нелегким и грязным делом во имя добра, и человека, убивающего людей чисто ради выгоды. Действительно, кто из них хуже?

Согласен с Три рубля, искренний человек выглядит лучше.