Может Надзор тогда был менее строгим, или Лили это один раз выкинула (после чего ей предупреждение выслали и она уже не повторяла). Или у неё было какое нибудь официальное разрешение.
Да и на самом деле тут вопрос в том правда ли за нарушение этой фигни в рамках собственного дома и какой то школьной магии исключают. Ну то есть может они стращают предупреждениями до посинения, а до собственно исключения дело не доходит – Гарри то по факту не за саму по себе магию вне Хога прижать хотели, а потому что Фаджу дорогу перешёл.