Есть сколько-то списков и заметок в самом ворде, есть две (уже) толстые тетради заметок и схем. Никаких специальных программ. Большая часть инфы - в голове. Имхо, так и нужно работать. Именно тогда автор учится охватывать мир собственного текста общим взглядом сам, без лишних костылей. Но это, конечно, имхо, тут уж кому как.