Во-первых, некоторое количество военного опыта у (отдельных) джедаев было, причём уровня армия-планета. Ну, конечно не ойкуменополис, но Война Старка, Арканианская гражданская и прорва других не самых мелких, вообще-то, конфликтов были. Старая Республика и до Войны Клонов была тем ещё местом.
Во-вторых, в ТЗ большей части клонов за исключением некоторых специальных серий стояли ограничения на мозги (причём как это было реализовано аппаратно - много раз ретконили), точно так же как прошитые специальные приказы, ограничение продолжительности жизни, взаимозаменяемость потрохов в сочетании с заметно модифицированной иммунной системой...
В-третьих, клонов обучали мандалорцы. У которых по итогам нескольких тысяч лет курощения таки полностью выбили стратегические навыки и подходы, и даже с крупной тактикой выше примерно батальонного уровня всё очень печально даже у ветеранов-лидеров. А ведь в Республике есть и планеты, поставляющие наёмников дивизиями и армиями, и целые планеты-училища около-военной направленности (да, они были и до Палпатина, хотя он радикально расширил и углУбил в ходе Империализации).
В-четвёртых, клоны - скорее всего - были важным элементом Великого Плана ситхов-бейнитов. Да, в меха-деру средний джедай почти не может, и тем более не может подработать кибер-ментатом, Силой координируя и усиливая некую дроид-армию (это скорее тёмная, и весьма редкая школа, на момент вокруг Явина пожалуй и забытая) (и да, в Старой Республике было несколько очень громко провалившихся конкурсов на дроид-армии для усиления Юстиции как раз во времена Валорума), зато клоны вполне поддаются типичному для обитателя Храма времён ВК набору навыков, и разного рода Боевые Медитации с более простыми навыками типа Воодушевления и Координации если прижмёт - всплывали относительно часто. На первый взгляд, Армия Клонов была создана для того, чтобы ею управляли джедаи - мясные дроиды, живые, но одинаковые... Но если копнуть глубже, то чем дольше типичный (военно-безграмотный) джедай воевал во главе клонов - тем глубже был коррапт и больше вероятность бесконтрольного падения во Тьму или там отказа от существования. Ибо личности у клонов отрастали, а смерти подчинённых, которых контролировали и усиливали через Силу - вполне так больно отдавались на джедаях.

И да, Руусанская реформа и чудовищная инертность механизмов Старой Республики (где могли на тысячелетия потерять суб-сектор, продолжая платить по счетам - благо, всегда было кому распилить) в сочетании с крайне замысловатой правовой системой...
Формально Орден - один из участников подписания Договора о создании Республики, с особыми правами и обязанностями. Но с тех пор прошло 25к лет, несколько уничтожений Храма и архивов, теократический период, прорва Алкасанских войн и далее по списку. И на момент Войны Клонов всё куда как скромнее. Да, у джедаев есть свои средства как у организации. И достаточно серьёзные - терраформированием, пищевой промышленностью и медициной можно заработать. У некоторых конкретных джедаев есть свои капиталы - но это или Тени, или (экс)аристо, или всякие там особые случаи, или коррелианцы и прочие странные существа. А основная же часть формально выглядит как подразделение Юстиции или ещё одна служба обеспечения Сената. И на фондовый рынок джедаев не пускают, так же как во власть или в реальные войска (до ВК) - ибо во времена Руусана элиты Республики слишком испугались варлордов и джедаев-штабистов (включая интендантов, работающих с Силой, да-да-да), и...