Иногда мне кажется, что самый простой вариант объяснения ситуации - это представление магии как некоего абстрактного ресурса, при том ограниченного. Хоть своеобразное информационное поле, хоть витающая в воздухе неведомая фигня, кому что ближе. В таком случае получаем передачу магии по наследству, но с мощным ограничивающим элементом. Грубо говоря, система наследования вполне канонична, пока магов меньше числа N, но как только их становится больше числа N - ресурс магии истощается и механизм наследования начинает работать через раз. Это бы объяснило наличие магов с одной стороны и ограниченность их численности с другой.

Есть ещё вариант "капризности" магического гена на первых порах, это уже ближе к земле. То есть речь идёт не просто о доминантности-рецессивности, всё гораздо сложнее. Было необходимо наличие у субъекта сразу нескольких строго заданных генетических комбинаций, чтобы ген заработал в полную силу. Впоследствии же произошли мутации, укрепившие позиции гена и сделавшие его условно доминантным без оглядки на прочие комбинации. Но ко времени завершения и распространения этих мутаций уже наличествовал Статут.

А так да, если следовать канону, в котором магия передаётся подавляющему большинству полукровок, получается беспредел: то ли маги с самого начала соблюдали чистоту крови (что противоречит тому же канону), то ли процентов 90% населения если не Земли, то Европы - это сквибы (опять же расхождение с каноном, где сквибы - явление нечастое).