Я поискал в НКРЯ и погуглил, и имею сказать вот что: «внутренности/внутренность корабля» — это широко распространённое и стилистически нейтральное словоупотребление ещё с XVIII века, а вот «недра корабля» встречаются реже, и часто это стилистически окрашенное, образное словоупотребление.