Вроде же было, что армию клонов так-то джедаи заказали и оплатили — значит им и командовать
А ещё где-то читал, что джедаи считали, что ситх хочет пролезть к власти через военную карьеру, они вроде это любили делать. А если в высшем командовании джедаи, то ситху это не провернуть. Кто ж знал, что Палпатин уже пролез?