Несколько таких кроссоверов читал. В принципе, ничего, если автор догадался баланс соблюсти.

Кстати, баланс тут может в обе стороны сработать. Ниндзи выносят волшебников путём инфильтрации в маноры. Волшебники выносят деревни ниндзей путём накладывания на них обратного Фиделиуса, заставляя ниндзей в принципе забыть о существовании всего остального мира.

Если так подумать - волшебники все умеют/могут стирать память и телепортироваться без меток.

У Хищного Пончика есть хорошая серия кроссоверов. Там главным героем - Eru Lee, фактически фем-Гарри-Поттер, в детстве телепортировавшаяся в Коноху и воспитанная вместе с Минато Намикадзе.
Мне больше всего понравился кроссовер с Властелином Колец.

https://www.fanfiction.net/u/1318815/The-Carnivorous-Muffin