Лично я в таких ситуациях, когда чувствую, что внезапно появляется ещё одна сюжетная линия, отвлекающая от основной, то старюсь отделить. Грустно, конечно, что не всё удастся показать, но, на мой взгляд, лучше не перегружать текст лишним.
С другой стороны, я немного схитрил в своём последнем рассказе. Там у меня два сюжета идут не параллельно друг с другом, а как бы по перекрывающейся цепочке, сделав текст внезапно в два раза больше задуманного. Но повествование, вроде, органично лежит.