>>>Как Волдеморт, находясь в теле Квиррелла, мог его наказывать?

изначально Волдеморт не был в теле Квирелла

лишь после неудачной попытки ограбления гринготтса он разозлился и вселился в тело нерадивого слуги чтобы лично руководить каждым шагом

собственно это вселение и было наказанием