Ярлык делаешь и в ярлыке прописываешь. Можно несколько ярлыков с разными командами. Совершенно не обязательно прописывать в оригинальном экзешнике. У меня лично норм работает сочетание "goodbyedpi.exe --blacklist youtube-domain.txt -f 2 -e 2 --wrong-seq --wrong-chksum --reverse-frag --max-payload" (ну с инструкцией насчёт "youtube-domain.txt" вы знакомы наверняка... или вообще для всего запускаете). Ещё можно батник сделать.